Les Cahiers d'habitats publiés entre 2001 et 2005 constituent des outils de référence pour l'interprétation des habitats d'intérêt communautaire en France.

Un groupe de travail a été mis en place avec pour objectif de mettre à jour les fiches génériques de ces Cahiers d’habitats. À cette occasion, le format des fiches génériques a été enrichi de plusieurs rubriques et d’illustrations. Le chantier est mené par grand type de milieux et ne concerne que les habitats terrestres.

Une notice générale présente la démarche et les principes méthodologiques suivis par le groupe de travail, parmi lesquels on notera tout particulièrement la catégorisation des habitats en habitats à logique "biotope" ou à logique "végétation" et la superposition des habitats.

Le fascicule 3, premier à être publié, est consacré aux 15 habitats des eaux douces présents en France (UE 3110 à 3290), dont une moitié voit son interprétation significativement modifiée. On y retrouve en particulier les habitats d'intérêt communautaire liés aux mares.
Il sera suivi des fascicules 1 (Habitats halophytiques) et 2 (Habitats dunaires).

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