Les lacs naturels, cours d’eau et annexes hydrauliques

Ces milieux sont présents sur l’ensemble du territoire métropolitain, de l’étage montagnard au littoral. Ils se développent au niveau des rives, le long des cours d’eau à courant lent, des annexes hydrauliques mais aussi des drains et des fossés. Ils sont aussi au contact des rivages bordant les plans d’eau, les étangs, les lacs et  les marais d’eau douce à faible profondeur.

Ils occupent des substrats de nature très variable - galets, graviers, sable, vase - sachant que les cariçaies et roselières affectionnent plus particulièrement les milieux argileux ou limoneux.

La formation de la végétation dépend du régime d’inondation et d’exondation, voire de submersion, ainsi que de la qualité de l’eau.

- Les « cariçaies » sont dominées par des laîches - Carex riparia, Carex elata, Carex vesicaria - dont la hauteur peut parfois atteindre 1,5 mètres. Ces formations herbacées se situent généralement en arrière des roselières sur des sols argilo-limoneux et calcaires. La submersion périodique de ces milieux est de quelques centimètres, avec un assèchement bien marqué.
Souvent en bandes étroites ou en auréoles discontinues, elles forment des nappes denses ou des touradons, grosses touffes très compactes, surélevées de plusieurs dizaines de centimètres par rapport au niveau du sol.

- Les « roselières » sont colonisées par des plantes enracinées sous l'eau dont les tiges, les fleurs et les feuilles sont aériennes (végétation hélophyte), de 1 à 2 mètres de haut en moyenne et très denses. Leur diversité est plutôt faible, en raison d’un gradient d’exondation qui peut atteindre parfois 4 à 5 mètres, et de la dominance, le plus souvent, d’une seule espèce : les phragmitaies à Phragmites australis ou à Phalaris arrundinacea, les scirpaies à Eleocharis palustris ou à Bolboschoenus maritimus, les typhaies à Typha latifolia, les cladiaies à Cladium mariscum.

- Les « herbiers d’eau douce » occupent des biotopes aquatiques de taille et de profondeur très variées. Ils se développent dans les premiers mètres sous la surface de l’eau. Ils sont constitués de végétation flottante, immergée et fixée ou non par des racines. Les caractéristiques physico-chimiques, la profondeur et les variations du niveau d’eau de ces milieux déterminent leur nature et leur fonctionnement : tapis d’algues characées sur les fonds minéraux, herbiers enracinés submergés de potamots formant des prairies aquatiques, les herbiers flottants à nénuphars ou encore les nappes flottantes de lentille d’eau…

Ces milieux jouent un rôle important pour l’épuration de l’eau et la stabilisation des berges. Malgré la faible diversité des espèces, ils sont l’habitat de plusieurs espèces menacées d’oiseau, de batraciens, d’invertébrés et de poissons.

Un certain nombre d’espèces sont inféodées à ces milieux comme les hérons paludicoles, les rallidés, les fauvettes, la mésange rémiz et la mésange à moustaches. Les herbiers d’eau douce hébergent plusieurs espèces végétales rares et en régression. Ils sont le support de la chaine alimentaire et des lieux de reproduction pour de nombreux poissons, invertébrés et oiseaux d’eau : anatidés, grèbes, foulques, mouettes, guifettes.

Selon la réglementation française, pour l'application de la police de l'eau, les lacs et les cours d’eau ont des statuts qui leurs sont propres « plan d’eau » et "cours d'eau". Néamoins, au niveau des berges, les espaces colonisés par une végétation aquatique ou paludicole, comme les nénuphars ou les roseaux, peuvent être qualifier au cas par cas de zones humides. Les parties profondes et peu végétalisées des lacs et des cours d'eau ne sont pas des « zones humides ».

D'après la convention de Ramsar, les lacs et les cours d'eau sont considérés comme  des « zones humides continentales ».