Par lettre de mission du 12 juillet 2016, le ministre de l'agriculture, de l'agroalimentaire et de la forêt, et la ministre de l'environnement, de l'énergie et de la mer ont saisi conjointement le CGAAER et le CGEDD pour mener un travail d'expertise visant à définir un dispositif de gestion des territoires d'élevage en milieux humides, qui permette de préserver leur biodiversité et les services écosystémiques qu'ils rendent, dans des conditions soutenables pour tous les acteurs.

Le rapport des inspecteurs généraux intitulé "préservation de l'élevage extensif, gestionnaire des milieux humides", a été publié le 17 novembre 2017. Le rapport est constitué de trois parties : présentation du contexte de l'élevage en milieux humides, présentation des initiatives prometteuses et proposition d'une méthodologie qui pourra être appliquée à l'échelle des territoires. Il est également proposé que l'expérimentation des recommandations soit faite sur trois sites pilotes avec une animation nationale.

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