Le premier décret d'application du nouveau régime d'évaluation d'incidences Natura 2000, daté du 9 avril a été publié le 11 avril au JORF. Il établit la nouvelle liste nationale des projets, programmes et manifestations qui devront  passer au crible de l'évaluation des incidences Natura 2000 sur le territoire national. Il établit également les conditions d'élaboration des listes locales préfectorales, indique les contenus et modalités d'instruction des évaluations d'incidence.

Pour compléter le dispositif, un second décret est en cours de rédaction, avec une démarche de concertation du MEEDDM auprès des différentes parties prenantes. Il contiendra la liste de référence servant à l'établissement des listes locales, et instituera le régime propre d'autorisation Natura 2000 pour les activités dépourvues de procédure dans leur fonctionnement habituel.

Les listes locales préfectorales complétant ce 1er et le 2nd décret devront être pris ensuite pour finaliser le dispositif.