Faune et flore protégées

Certaines espèces de faune et de flore de métropole et d’outre mer sont protégées par le biais d’arrêtés interministériels portant sur tout le territoire national ou sur une région ou un département (C. envir., art. L. 411-1 et L. 411-2 et R. 411-1 et s.) . Ce clas- sement permet de protéger non seulement l’espèce elle-même, soit en totalité (protection intégrale), soit en partie (protection partielle), mais également son habitat, dans la mesure où les arrêtés visent la protection des aires de reproduction et de repos de l’espèce.

La présence de ces espèces et les éventuelles atteintes qu’elles pourraient subir, notamment à l’occasion de projets d’aménagement, doivent être traitées dans l’étude d’impact au risque de rendre illégale le projet comme le juge le souligne d’ailleurs.

Par ailleurs, en cas de projet portant atteinte à une espèce ou son habitat, une autorisa- tion du préfet, dénommée « dérogation à la protection des espèces », ou plus simplement
« Dérogation faune-flore » est obligatoire (C. envir., art. L. 411-2, I, 4°, R. 411-6 et s.). Cette dérogation est l’objet de très nombreux contentieux ces dernières années, le juge donnant souvent raison aux associations du fait que l’administration n’examine pas toujours avec vigilance les conditions exigées par les textes.

Dans un arrêté de principe, le Conseil d’État a rappelé les conditions cumulatives pour qu’une telle dérogation puisse être accordée :

« un projet de travaux, d’aménagement ou de construction d’une personne publique ou privée susceptible d’affecter la conservation d’espèces animales ou végétales protégées et de leurs ha- bitats ne peut être autorisé, à titre dérogatoire, que s’il répond, par sa nature et compte tenu des intérêts économiques et sociaux en jeu, tels que notamment le projet urbain dans lequel il s’inscrit, à une raison impérative d’intérêt public majeur.

En présence d’un tel intérêt, le projet ne peut cependant être autorisé, eu égard aux atteintes portées aux espèces protégées appréciées en tenant compte des mesures de réduction et de com- pensation prévues, que si, d’une part, il n’existe pas d’autre solution satisfaisante et, d’autre part, cette dérogation ne nuit pas au maintien, dans un état de conservation favorable, des populations des espèces concernées dans leur aire de répartition naturelle » (CE, 17 déc. 2020, n° 43920).

Voir également Évaluation environnementale et Autorisations d’urbanisme